De Republiek Macedonië ligt op het Balkanschiereiland in zuid oost Europa en is geheel door andere landen omsloten. In het westen is dat Albanië, in het oosten Bulgarije, in het zuiden Griekenland en in het noorden Servië. Het land is 25.333 km² groot en is daarmee ¾ van Nederland.
Het landschap is bergachtig met als hoogste punt de Golem Korab (2.764 m) op de grens met Albanië. Het grootste deel van het land bestaat uit een plateau met een hoogte tussen de 600 en 900 m. In Macedonië liggen tientallen meren waarvan de meren van Ohrid, Prespa en Dojran de bekendste zijn. Het 186 m diepe meer van Ohrid is met een oppervlakte van 349 km² een van de grootste meren op de Balkan en met een ouderdom van ca. twee miljoen jaar tevens één van de oudste meren ter wereld.